幼兒保育系自民國85年成立正式成立日、夜間部二專幼兒保育科；89年成立幼兒保育系；90年招收日間及進修部二技、附設托兒所成立；91年招收日間及進修部四技；92年招收進修部在職專班二技；93年夜間部二專停止招生；96在職專班二技停止招生；101年日間部二專停止招生、成立日間部五專。附設托兒所更名為私立中華醫事科技大學附設臺南市幼兒園；104年日間部二技停止招生；105年進修部四技停止招生。